政治之形为独裁专制，而未闻有一虐政也。虽时有压制之弊，然亦不数。如君主及辅佐有逞其威力者，可称压制与否，则尚属疑问。间有情形使不能压制者，而真心行压制，则绝无焉。即使有之，亦止于一处。如白河法皇之盛威，不能控御宫阙所近叡山之僧侣。清盛之强刚，亦有报恩以仇之叹，可知其权力抑压思想之极罕也。不独国中为然，虽对外国，苟无直切害国安之虞，则皆任其自由，而不敢问焉。政治之局屡有激争，而略无妨于思想之进步，虽在酣战之中，尚见其间有思想传达之自由。

王朝已衰，而镰仓幕府创开封建之制。提其案者，实在朝臣之家。文永五年（西历一千二百六十八年），蒙古始遣使。弘安四年，大军寇西海，其间经年凡十三。日本初示敌意尽其防御之术，然弘安二年（一千二百七十九年）聘元僧祖元为镰仓圆觉寺之开山祖，而执权北条时宗师事之。其后，僧一宁亦受优遇。此时，传说谓是等僧徒实为敌国之间谍，然镰仓府毫不疑之，而使其传法自由。丰臣太阁兴大兵攻朝鲜，与明军相战七年，已薨而旋其兵，偶有风说，谓明军将追至日本。清灭明，复有流言谓彼必寇日本。

其间，承应三年（一千六百五十四年），将军家纲聘明僧隐元为黄檗山之开祖。嗣有明之遗民朱舜水逃于日本，水户侯聘之为师。岛原之役，因哲粹志教徒籍宗教弄其侵略之策，幕府听兰人之忠言，加以威压，令信徒行“踏绘”，其不从者处极刑。此虽酷罚，然已除其危险，则不复追穷教徒之密信其教者。如后年日本所有基督教之中最多者在天主教徒，亦可知其缘由。

宽政年间，幕府下令以程朱之学为儒教之正宗，圣堂及诸藩多则此旨。然制而不严，儒家不奉程朱者亦不少。或守汉唐，或事折衷，或宗阳明。如佐藤一斋专主教权，阳奉程朱，阴加阳明，亦如其公然之秘密。圣堂中居其主要之地位者，有古贺氏。其第二代曰侗菴，晓通于外国事情。第三代曰茶溪，尤致力于洋学，受命而为开成处管理。开成处迨后为帝国大学之基址。此有旧圣堂与新大学之联络，即旧学与新学之关键也。思想非不被制限，而拘束不必紧密，皆任宜而发展。苟绎其变迁之迹，则觉其至妙矣。